Le ministère des Pêches et des Océans (MPO) doit concevoir, mettre au point et tester 500 marqueurs GT seq qui permettront d’obtenir des génotypes reproductibles, lesquels pourront être utilisés dans les analyses génétiques liées à la gestion d’espèces aquatiques au Canada. Les travaux comporteront ce qui suit :
Conclure un marché pour concevoir, mettre au point et tester 500 marqueurs GT seq qui permettront d’obtenir des génotypes reproductibles, lesquels pourront être utilisés dans les analyses génétiques liées à la gestion d’espèces aquatiques au Canada. Pour atteindre cet objectif, nous souhaitons élaborer des panels pour quatre espèces différentes. On a déterminé que cette ressource est nécessaire à la gestion de deux espèces, le béluga (Delphinapterus leucas) et l’inconnu (Stenodus leucichthys), et deux autres espèces restent à déterminer.
Les récents progrès de la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont fourni des méthodes qui permettent d’augmenter la proportion analysée du génome et d’évaluer la diversité neutre et adaptative. Une fois qu’on a repéré des régions importantes du génome, il est possible d’élaborer des ensembles de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) au moyen du génotypage par milliers par séquençage (GT seq). Grâce à cette méthode, on peut séquencer de nombreux SNP simultanément en utilisant des amorces pour la PCR multiplex, et ce, de manière cohérente et reproductible. Ainsi, les travaux de conception, de mise à l’essai et de validation de marqueurs génétiques GT seq permettront aux chercheurs d’avoir accès à des capacités de génotypage et fourniront aux régions de l’Arctique ainsi que de l’Ontario et des Prairies des données génomiques de haute qualité. Ces données viendront appuyer la mission de Pêches et Océans Canada consistant notamment à promouvoir des secteurs maritimes et des pêches économiquement prospères ainsi que des écosystèmes aquatiques durables.
Il s’agit de concevoir, tester et valider 500 marqueurs génétiques GT seq en vue de mener des études génétiques portant sur un maximum de quatre espèces aquatiques différentes. Les marqueurs génétiques GT seq doivent être conçus pour le génotypage d’échantillons à l’aide du système MiSeq d’Illumina.
L’entrepreneur fournira également un soutien, au besoin, pour aider à optimiser la configuration du laboratoire et de l’analyse des données en vue du génotypage des nouveaux marqueurs au laboratoire de génétique et génomique de l’Institut des eaux douces.
L’Institut des eaux douces fournira à l’entrepreneur des données génomiques et de l’ADN appropriés pour la mise à l’essai et la validation des marqueurs.
