Génome des poissons et séquençage du transcriptome

Entente sur le commerce : AUCUNE
Processus de demande des soumissions : Habituellement, une seule entreprise est invitée à soumissionner
Stratégie d'approvisionnement non concurrentielle : Objectifs gouvern. représentant les meilleurs intérets/valeur pour l'État
Entente sur les revendications territoriales globales : Non
Nom et adresse du fournisseur :
Vertebrate Genome Laboratory
The Rockefeller University
1230 York Avenue
New York New York
United States
10065
Nature des besoins :

Génome des poissons et séquençage du transcriptome

Préavis d'adjudication de contrat (PAC)
Le préavis d'adjudication de contrat (PAC) est un avis public destiné à informer les fournisseurs qu'un ministère ou un organisme gouvernemental a l'intention d'attribuer à un fournisseur sélectionné à l'avance un contrat pour un bien, un service ou des travaux de construction, ce qui permet aux autres fournisseurs de signaler leur intérêt à soumissionner en présentant un énoncé de capacités. Si aucun autre fournisseur ne présente d'énoncé de capacités qui satisfait aux exigences établies dans le PAC, d'ici la date de clôture indiquée dans le PAC, l'agent de négociation des contrats peut alors procéder à l'attribution du marché au fournisseur sélectionné à l'avance.

Définition du besoin
Titre : Génome des poissons et séquençage du transcriptome
Le ministère des Pêches et des Océans (MPO) requiert le séquençage, l'assemblage et l'annotation du génome au niveau des chromosomes pour quatre espèces marines à valeur commerciale et écologique.
Le MPO a besoin du séquençage de plusieurs génomes d'animaux (lompe, éperlan arc-en-ciel, tanche tautogue et crabe des neiges) pour fournir des données génomiques de base sur l'architecture génomique, les gènes d'intérêt adaptatif et la génomique des populations afin de mieux éclairer la structure des stocks et le flux génétique pour répondre aux besoins particuliers des programmes liés à la conception et à la surveillance des aires marines de conservation et d'aquaculture.
Les échantillons sont actuellement stockés dans des flacons à identification unique, congelés dans de l'azote liquide et conservés à une température de -80 °C. L'entrepreneur devra extraire de l'ADN à poids moléculaire élevé avant le séquençage et la cartographie optique.
L'installation de génomique doit avoir la capacité d'extraire de l'ADN ultrapur à très haute masse moléculaire (>100 kb) par extraction en puits d'agarose afin de s'assurer que de l'ADN d'une longueur suffisante est disponible pour le séquençage en temps réel d'une seule molécule, la cartographie optique et la capture de la conformation de la chromatine. L'installation doit être équipée pour être en mesure de purifier l'ADN extrait et effectuer la préparation d'une bibliothèque pour un séquençage de lectures liées à 10x sur un séquenceur NovaSeq 6000 à une profondeur minimale de 50X, des lectures longues continues Pacbio à une profondeur minimale de 50X, une cartographie optique Bionano à une profondeur de 100X et une capture de la conformation de la chromatine HiC à une profondeur minimale de 50X afin d'assurer un assemblage complet, au niveau des chromosomes, du génome en phase, par espèce. L'assemblage de chaque génome à l'aide de toutes les techniques de séquençage combinées sera également nécessaire.
Après le séquençage et l'assemblage du génome par l'entrepreneur, celui-ci sera responsable de la présentation des séquences brutes et des fichiers d'assemblage au NCBI, mais il fournira également tous les fichiers bruts, intermédiaires et définitifs aux chefs de projet du MPO pour la conservation sur place.
Tâches

• Extraction d'ADN à poids moléculaire élevé par la méthode en puits d'agarose et contrôle de la qualité de l'ADN;
• Préparation de la bibliothèque et séquençages de lectures en phase liées à 10x, de lectures longues continues en phase Pacbio, de la cartographie optique à large couverture et de la capture de la conformation de la chromatine HiC.
• Assemblage du génome en phase à l'aide de toutes les technologies de séquençage combinées, par espèce.
• Tous les fichiers d'assemblage bruts, intermédiaires et définitifs doivent être soumis au NCBI et transférés aux chefs de projet du MPO.

Critères d'évaluation de l'énoncé de capacités (exigences essentielles minimales)

• Tout fournisseur intéressé devra démontrer, dans son énoncé de capacités, que le produit/l'équipement/le système offert répond aux exigences suivantes :
• Capacité d'effectuer des extractions d'ADN à très haute masse moléculaire (idéalement par extraction en puits d'agarose);
• Préparation de la bibliothèque pour les méthodes actuelles de séquençage de l'ADN à haut débit, y compris les lectures liées à 10x, Illumina NovaSeq, le séquençage de longues lectures PacBio, la cartographie optique Bionano et la capture de la conformation de la chromatine HiC;
• Établissement de protocoles et d'algorithmes pour l'assemblage complexe du génome en phase à l'aide de chacune des technologies susmentionnées;
• Puissance informatique nécessaire pour assembler de grands génomes à l'aide d'algorithmes complexes (habituellement au moins 256-500Go de mémoire vive);
• Capacité d'analyse génétique à haut débit et de gestion des données pour de multiples génomes.

Justification du recours à un fournisseur sélectionné à l'avance
Le Vertebrate Genome Laboratory (VGL) a mis au point le pipeline le plus efficace et le plus rationalisé pour le séquençage sans erreur de génome de novo qui est disponible. Aucun autre fournisseur de services n'offre les mêmes services internes pour le séquençage, l'assemblage et l'échafaudage du génome qui utilisent précisément les plateformes disponibles à VGL et qui sont nécessaires pour répondre aux besoins du MPO en matière de génomes de référence très précis et complets.
Règlement sur les marchés de l'État (RME) et justification du recours à l'appel d'offres restreint
L'exception au Règlement sur les marchés de l'État qui suit est invoquée pour cet achat aux termes du paragraphe 6(d) - « les cas où le marché ne peut être exécuté que par une seule personne ».
Le VGL est la seule installation en Amérique du Nord ayant la capacité technique de séquencer des génomes complets à cette échelle, y compris : extraction d'ADN de qualité suffisante pour le séquençage combiné 10X/Pacbio, la cartographie optique et la capture de la conformation de la chromatine; préparation de bibliothèque et séquençage de la cartographie optique 10X, Pacbio, Bionano et capture de la conformation de la chromatine HiC; assemblage des génomes eucaryotes complexes utilisant chacune desdites technologies; et conservation, traitement et suivi des données. Le VGL dispose actuellement de la capacité technique et de l'équipement nécessaire pour effectuer des extractions en puits d'agarose, de l'équipement nécessaire à chaque technologie de séquençage, d'algorithmes pour fusionner de multiples types de données (sans erreurs) et créer des assemblages de génome en phase, et de la capacité de gérer la grande quantité de données brutes produites à partir de ces séquences génomiques.
Propriété intellectuelle
Le titre de la propriété intellectuelle d'aval découlant du contrat proposé sera dévolu à l'entrepreneur.

• Le Canada a l'intention de conserver les droits de propriété intellectuelle découlant du contrat proposé étant donné que le but principal du contrat est de produire des connaissances et de l'information pour diffusion publique.

Période du contrat proposé
La période du contrat proposé s'étend de la date d'attribution du contrat jusqu'au 31 mars 2020.

Estimation des coûts
La limite estimative du contrat proposé est de 56?000 $US, taxes en sus.

Nom et adresse du fournisseur sélectionné à l'avance
Vertebrate Genome Laboratory
The Rockefeller University
1230, York Avenue
New York, NY
Droit des fournisseurs de présenter un énoncé de capacités

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts à fournir les biens, les services ou les services de construction décrits dans le PAC peuvent présenter un énoncé de capacités à la personne ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici la date de clôture de ce dernier. L'énoncé de capacités doit clairement démontrer comment le fournisseur satisfait aux exigences publiées.
Date de clôture pour la présentation d'un énoncé de capacités

Les énoncés de capacités seront acceptés jusqu'au :
20 décembre 2019 à 14 h HNT.

Demandes de renseignements et présentation d'énoncés de capacités
Les demandes de renseignements et énoncés de capacités doivent être envoyés à l'adresse suivante :
Janice Baird, spécialiste en approvisionnement
Services publics et Approvisionnement Canada
Édifice John Cabot
10, Barter's Hill
St. John's (T.-N.-L.)
Téléphone : 709-682-1588
Télécopieur : 709-772-4603
Courriel : j••••••••@••••••••.••.ca

Date de livraison : Indiquée ci-dessus

L'État fait savoir par la présente qu'il a l'intention de n'inviter à soumissionner que l'entreprise susmentionnée et de ne négocier qu'avec elle. Pour de plus amples renseignements concernant ce marché, communiquer avec l'agent de négociation des marchés dont le nom est indiqué ci-dessus.

Un préavis d'adjudication de contrat (PAC) permet aux ministères et aux organismes de publier un avis, pendant un minimum de quinze (15) jours civils, pour informer la collectivité des fournisseurs de leur intention de passer un marché pour un bien, un service ou des travaux de construction à un fournisseur sélectionné d'avance. Si pendant la période d'affichage, aucun fournisseur ne présente d'énoncé de compétences répondant aux exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des marchés pourra alors procéder à l'attribution du marché. S'il est jugé, toutefois, qu'un énoncé de compétences répond aux exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des marchés doit lancer le processus complet d'appel d'offres.

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts à fournir les produits ou les services décrits dans cet avis peuvent présenter un énoncé de compétences à la personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici la date de clôture, laquelle est aussi précisée dans l'avis. L'énoncé de compétences doit démontrer clairement la façon dont le fournisseur compte s'y prendre pour répondre aux exigences indiquées dans le préavis.

Le numéro de dossier de TPSGC, le nom de l'agent de négociation des marchés et la date de clôture du préavis d'adjudication de contrat (PAC) doivent figurer en lettres moulées sur l'enveloppe, ou sur la feuille d'accompagnement, s'il s'agit d'un envoi par télécopieur.

L'État se réserve le droit de négocier les conditions de tout marché avec les fournisseurs.

Les documents peuvent être présentés dans l'une ou l'autre des langues officielles du Canada.