ÉNONCÉ DES TRAVAUX
1. Titre
Services de séquençage
2. Contexte
Le Centre de recherche et de développement de Morden, un laboratoire étudiant la pathologie des céréales, utilise de nouvelles technologies de génétique moléculaire, dont le séquençage à haut débit, et s’appuie sur des recherches antérieures pour faciliter le développement de variétés de blé ayant des caractères favorables, notamment la résistance à la fusariose de l’épi causée par Fusarium. Un élément clé permettant l’atteinte de cet objectif est la recherche de variantes des séquences nucléotidiques dans des lignées individuelles de T. aestivum montrant des degrés distincts de résistance et de susceptibilité à la fusariose parmi les autres caractères recherchés en agronomie. La plupart de nos recherches portent sur des analyses d’ARN et de génome de champignons et de plantes, qui permettent de comprendre le rôle des gènes obtenus de F. graminearum et de provoquer la maladie dans les tissus de blé résistants et sensibles.
Pour atteindre nos objectifs de recherche, nous devrons mener une analyse du séquençage du génome et de l’ARN. Cependant, cette technologie n’est pas disponible actuellement dans nos installations de recherche. La passation d’un marché pour ces services permettra donc à AAC de continuer à atteindre ces objectifs. De plus, comme la technologie de séquençage évolue constamment, faire appel à des fournisseurs de services ayant accès à l’équipement le plus avant-gardiste nous permet d’utiliser la technologie de pointe disponible.
3. Objectif
AAC nécessite les services d’un entrepreneur afin d’offrir des services de séquençage pour les échantillons de T. aestivum et de F. graminearum.
4. Portée des travaux
L’entrepreneur doit effectuer le séquençage d’échantillons de végétaux et de champignons comme suit :
1. Séquençage de prochaine génération – Partie 1
1 500 nanogrammes d’ADN obtenus de 100 échantillons de Triticum aestivum seront fournis pour l’acquisition des éléments suivants :
a) CQ ADNg
b) Shotgun sans PCR
c) Banque Illumina CQ
d) Illumina NovaSeq PE150 – 1200M de lectures (couverture 6X)
2. Séquençage de prochaine génération – Partie 2
500 nanogrammes d’ARN provenant de 32 F. graminearum subissant une provocation par T. aestivum et des échantillons de F. graminearum en culture in vitro seront fournis pour l’acquisition des éléments suivants :
a) Bioanalyseur d’échantillons d’ARN
b) Préparation d’une banque NEB de brins sans ARNr (plante) ou préparation d’une banque NEB de brins d’ARNm (champignon)
c) Banque Illumina CQ
d) Piste de séquençage NovaSeq6000 S4 PE100
e) Séparateur de cellules à flux Illumina NovaSeq 6000 S4 (par piste)
5. Produits livrables et échéancier
Les données de séquençage pour chaque projet devront être livrées dans les huit (8) semaines suivant la soumission des échantillons.
Chaque projet sera facturé séparément lorsque le travail aura été effectué.
6. Langue de travail
Les produits livrables devront être fournis en anglais.
7. Ressources et niveau d’effort
L’entrepreneur fournit les ressources suivantes : NovaSeq 6000, Bioanalyseur d’échantillons d’ARN, trousses de préparation de banque NEB pour parachever les services de séquençage requis.
8. Lieu de travail et déplacements
Les travaux seront exécutés dans les installations de l’entrepreneur.
9. Durée/période du contrat
Les travaux commenceront à la date d’attribution du contrat et devront être terminés (y compris la facturation) au plus tard le 31 mars 2024.
