Analyse des données expérimentales eDNA

TITRE: Analyse des données expérimentales eDNAPAC:L’objectif de ce préavis d’adjudication de contrat (PAC) est de signaler l’intention du gouvernement d’octroyer un contrat pour l’obtention de ces services à SevellecMetagenomic, 3 rue Sophie Germain, Thorigné-Fouillard, France. Toutefois, avant d’octroyer un contrat, le gouvernement aimerait offrir aux fournisseurs la possibilité de faire la preuve qu’ils sont capables de répondre aux exigences établies dans le présent préavis, en présentant un énoncé de capacités pendant la période d’affichage du PAC.Si d’autres fournisseurs potentiels présentent un énoncé des capacités pendant la période d’affichage du PAC et prouvent ainsi qu’ils satisfont aux exigences établies dans le PAC, le gouvernement enclenchera un processus d’appel d’offres complet en ayant recours au Service électronique d'appels d'offres du gouvernement ou encore à la méthode traditionnelle avant d’octroyer le contrat en question.Si, au plus tard à la date de clôture, aucun autre fournisseur ne présente d’énoncé de capacités répondant aux exigences établies dans le PAC, un contrat sera attribué au fournisseur présélectionné.INTRODUCTION:Le ministère des Pêches et des Océans (MPO) mène des recherches pour appuyer le développement d’outils génomiques, y compris l’ADN environnemental (ADNe), qui peuvent être utilisés pour le programme communautaire de surveillance de la biodiversité côtière dans l’Arctique canadien. Cette recherche s’inscrira sous la responsabilité essentielle liée aux écosystèmes aquatiques prévue dans le Cadre des résultats du MPO qui vise à conserver et protéger les océans et les autres écosystèmes ainsi que les espèces aquatiques du Canada contre les répercussions humaines et les espèces envahissantes.CONTEXTE:L’ADNe permet aux chercheurs de surveiller et de recueillir des données de base sur la biodiversité à grande échelle spatiale et temporelle dans les régions éloignées où la collecte et la surveillance des données sont souvent limitées. Bien que l’ADNe soit un outil puissant pour la biosurveillance des écosystèmes arctiques, une meilleure compréhension des facteurs influençant la variabilité de l’ADNe est nécessaire pour améliorer la normalisation de cette méthode. Le MPO a mené des travaux expérimentaux dans plusieurs régions de l’Arctique afin d’examiner l’écologie de l’ADNe dans les milieux marins côtiers de l’Arctique en ce qui concerne la récupération de l’ADN et la détection d’espèces à partir d’échantillons d’eau. Des échantillons ont déjà été prélevés à divers endroits et ont été séquencés avec une classification taxonomique..OBJECTIFS:Le MPO a besoin qu’un entrepreneur effectue des analyses des données, rédige des méthodes d’analyse des données et interprète les résultats, effectue des examens de la documentation de base et rédige des résumés connexes sur certains sujets, comme il est indiqué ci-dessousEXIGENCES CONCERNANT LES TRAVAUX:L’entrepreneur doit effectuer des analyses des données, rédiger des méthodes d’analyse des données et interpréter les résultats, et effectuer des analyses de la documentation de base et rédiger des résumés connexes liés aux expériences suivantes :efficacité contrastée entre la méta-attribution de codes à barres pour une masse de zooplancton par rapport à la méta-attribution de codes à barres fondée sur l’ADNe de l’eau;variation interannuelle des indices de biodiversité fondés sur l’ADNe entre des emplacements côtiers;évaluation des effets de la taille des échantillons d’eau par rapport à ceux du volume sur les estimations fondées sur l’ADNe de la biodiversité côtière;évaluation fondée sur l’ADNe de la diversité dans les assemblages de bio-encrassement sur des coques de navires. Ces renseignements seront importants pour améliorer la normalisation de l’ADNe pour l’échantillonnage de la biodiversité côtière et l’élaboration de protocoles de surveillance communautaireTÂCHES ET PRODUITS À LIVRER:Expérience 1 : efficacité contrastée entre la méta-attribution de codes à barres pour une masse de zooplancton par rapport à la méta-attribution de codes à barres fondée sur l’ADNe de l’eauExamen de la documentation et résuméEffectuer un examen de la documentation sur l’évaluation de l’efficacité de l’ADNe pour surveiller le zooplancton et rédiger un résumé à inclure dans les sections d’introduction et de discussion d’un manuscrit préliminaire.Préparation et nettoyage des données avec le pipeline BarqueSélectionner les groupes taxonomiques d’intérêt (métazoaires aquatiques).Éliminer l’espèce ou le genre lorsque le nombre de séquences dans les témoins négatifs est calculé comme étant supérieur à 2 % du nombre total de séquences des échantillons.Traiter les séquences avec des résultats identiques en suivant l’approche décrite dans le document de Lacoursière et ses collaborateurs (2018).Analyse des donnéesEffectuer des analyses multivariées (y compris des analyses de correspondance canonique et des analyses de diversité) et élaborer des courbes de saturation pour comparer le zooplancton de masse associé et un échantillon d’ADNe de la biodiversité fondée sur l’eau pour les amorces CO1 et 18 S.Rédaction des méthodes d’analyse et des résultatsRédiger une description des méthodes d’analyse des données susmentionnées à inclure dans un manuscrit préliminaire.Rédiger les résultats ci-dessus pour les inclure dans un manuscrit préliminaire.Expérience 2 : variation interannuelle des indices de biodiversité fondés sur l’ADNe entre des emplacements côtiersPréparation et nettoyage des données avec le pipeline BarqueSélectionner les groupes taxonomiques d’intérêt (métazoaires aquatiques).Éliminer l’espèce ou le genre lorsque le nombre de séquences dans les témoins négatifs est calculé comme étant supérieur à 2 % du nombre total de séquences des échantillons.Traiter les séquences avec des résultats identiques en suivant l’approche décrite dans le document de Lacoursière et ses collaborateurs (2018).Analyse des donnéesEffectuer des analyses multivariées (y compris des analyses de correspondance canonique et des analyses de diversité) et élaborer des courbes de saturation pour comparer la biodiversité métazoaire avec les amorces CO1 et 18S à partir d’échantillons d’ADNe d’eau côtière prélevés dans quatre ports sur une période de trois ans.Rédaction des méthodes d’analyse et des résultatsRédiger une description des méthodes d’analyse des données susmentionnées à inclure dans un manuscrit préliminaire.Rédiger les résultats ci-dessus pour les inclure dans un manuscrit préliminaire.Expérience 3 : évaluation des effets de la taille des échantillons d’eau par rapport à ceux du volume sur les estimations fondées sur l’ADNe de la biodiversité côtièreExamen de la documentation et résuméEffectuer un examen de la documentation sur les facteurs susceptibles d’influer sur l’évaluation de la capture d’ADNe à partir d’échantillons d’eau et rédiger un résumé à inclure dans les sections d’introduction et de discussion du manuscrit préliminaire.Préparation et nettoyage des données avec le pipeline BarqueSélectionner les groupes taxonomiques d’intérêt (métazoaires aquatiques).Éliminer l’espèce ou le genre lorsque le nombre de séquences dans les témoins négatifs est calculé comme étant supérieur à 2 % du nombre total de séquences des échantillons.Traiter les séquences avec des résultats identiques en suivant l’approche décrite dans le document de Lacoursière et ses collaborateurs (2018).Analyse des donnéesEffectuer des analyses multivariées (y compris des analyses de correspondance canonique et des analyses de diversité) et élaborer des courbes de saturation pour comparer la biodiversité métazoaire avec les amorces CO1 et 18S en fonction de diverses combinaisons de volume et de taille d’échantillon d’échantillons d’ADNe d’eau côtière.Rédaction des méthodes d’analyse et des résultatsRédiger une description des méthodes d’analyse des données susmentionnées à inclure dans un manuscrit préliminaire.Rédiger les résultats ci-dessus pour les inclure dans un manuscrit préliminaire.Expérience 4 : évaluation fondée sur l’ADNe de la diversité dans les assemblages de bio-encrassement sur des coques de naviresPréparation et nettoyage des données avec le pipeline BarqueSélectionner les groupes taxonomiques d’intérêt (métazoaires aquatiques).Éliminer l’espèce ou le genre lorsque le nombre de séquences dans les témoins négatifs est calculé comme étant supérieur à 2 % du nombre total de séquences des échantillons.Traiter les séquences avec des résultats identiques en suivant l’approche décrite dans le document de Lacoursière et ses collaborateurs (2018).Analyse des donnéesEffectuer des analyses multivariées (y compris des analyses de correspondance canonique et des analyses de diversité) et élaborer des courbes de saturation pour comparer la biodiversité métazoaire avec les amorces CO1 et 18S à partir d’échantillons d’ADNe d’eau côtière prélevés dans quatre ports sur une période de trois ans.Rédaction des méthodes d’analyse et des résultatsRédiger une description des méthodes d’analyse des données susmentionnées à inclure dans un manuscrit préliminaire.Rédiger les résultats ci-dessus pour les inclure dans un manuscrit préliminaire.RESSOURCES ET NIVEAU D'EFFORT:Une seule ressource est requise pour effectuer toutes les tâches et tous les livrables. Le niveau d'effort estimé est de 1800 heures.CRITÈRES OBLIGATOIRES:Exigence en matière de langues officielles :L’anglais est essentielÉTUDES:Diplôme d'un doctorat acceptable d'une institution post-secondaire reconnue dans un domaine des sciences pures, naturelles et appliquées avec une spécialisation liée aux :Biologie-environnementBiostatistiqueBiotechnologieEXPÉRIENCE:Expérience en planification et réalisation de recherchesExpérience en bioinformatiques.Expérience dans l'étude des communautés marines de l'ArctiqueExpérience en métagénomique et l’ADNeExpérience d'analyse statistique des données ADNExpérience dans la préparation et la publication de manuscrits sur la métagénomique, l'eDNA et les communautés marines de l'ArctiqueDoit avoir au moins 5 publications (premier ou co-auteur) sur la métagénomique/eDNA, dont deux sont liées aux communautés marines de l'ArctiqueVALEUR ESTIMATIVE:La valeur totale du contrat ne doit pas dépasser 90,000.00$ (taxes applicables en sus) pour la période ferme de sa date d’attribution jusqu’au 31 mars 2022 avec quatre (1) année d’option, chacune d’une durée d’un an. La période initiale du contrat est estimée à 45,000.00 $; l’année d’option 1 est estimée à 45,000.00$.EXIGENCES RELATIVES À LA SÉCURITÉAucune exigence relative à la sécurité.APPLICABILITÉ DE L'ACCORD COMMERCIAL ET AUTRES OBLIGATIONS:Aucun accord commercial ne s'applique.EXCEPTOIN AU RÈGLEMENT SUR LES MARCHÉS DE L'ÉTAT ET MOTIFS JUSTIFIANT LE RECOURS À L'APPEL D'OFFRES RESTREINT :Les exigences en matière de politique suivantes s’appliquent au processus de préavis d’adjudication de contrat (PAC) :Exceptions applicables aux appels d’offres en vertu du Règlement sur les marchés de l’État (RME) (article 6) Selon l’article 10.2.1 et l’article 6 (d), une seule personne ou une seule société peut exécuter le travail; la règle s’applique à ce PAC pour les raisons suivantes :–les cas où le marché ne peut être exécuté que par une seule personne ou une seule société.PÉRIODE DU CONTRAT:Le contrat sera en vigueur à partir du de sa date d’attribution jusqu’au 31 mars 2022 inclusivement. Le contrat comprendra une année d’option d’une durée d’un an, qui pourront être exercées à la discrétion du MPO.Période ferme: de la date d’attribution du contrat jusqu’au 31 mars 2022Année d’option 1: 1 avril 2022 to 31 mars 2023DROIT DU FOURNISSEUR DE PRÉSENTER UN ÉNONCÉ DE CAPACITÉS:Les fournisseurs qui s’estiment pleinement qualifiés et prêts à fournir les services décrits dans la présente doivent présenter par écrit un énoncé de capacités à l’agent de négociation des marchés dont le nom est indiqué dans le présent préavis, à la date de clôture au plus tard. L’énoncé de capacités doit clairement démontrer comment le fournisseur satisfait aux exigences publiées.DATE DE CLÔTURE POUR LA SOUMISSION DES ÉNONCÉS DE CAPACITÉS:23 decembre 2021 at 2:00 p.m. (HNA) Les demandes de renseignements et les énoncés de capacités doivent être envoyés à l’adresse suivante :Hannah State Agente principale des contratsCentre d’approvisionnement – FrederictonTéléphone: (506) 429-2622Courriel : D••••••••@•••••••.••.ca