Analyse génétique massive

Entente sur le commerce : Accord de libre-échange canadien (ALEC)
Processus de demande des soumissions : Habituellement, une seule entreprise est invitée à soumissionner
Stratégie d'approvisionnement non concurrentielle : Droits exclusifs
Entente sur les revendications territoriales globales : Non
Nom et adresse du fournisseur :
University of Guelph
50 Stone RD
Biodiversity Institute of Ontario
CBG
Guelph Ontario
Canada
N1G2W1
Nature des besoins :

1. Préavis d'adjudication de contrat (PAC)

Un PAC est un avis public informant la collectivité des fournisseurs qu'un ministère ou organisme a l'intention d'attribuer un contrat pour des biens, des services ou des travaux de construction à un fournisseur sélectionné à l'avance, ce qui permet aux autres fournisseurs de signaler leur intérêt à soumissionner en présentant un énoncé de capacités. Si aucun autre fournisseur ne présente d'énoncé de capacités qui satisfait aux exigences établies dans le PAC, d'ici la date de clôture indiquée dans le PAC, l'agent de négociation des contrats peut alors procéder à l'attribution du marché au fournisseur sélectionné à l'avance.
2. Définition du besoin
Le Programme sur la carpe asiatique de Pêches et Océans Canada exige l'identification de l'espèce au moyen du séquençage de métacode à barres de l'échantillonnage des larves et des œufs afin d'identifier et de surveiller avec précision la présence et les répercussions de la carpe asiatique sur les eaux canadiennes.

Les carpes asiatiques sont un groupe d'espèces aquatiques envahissantes qui risquent de pénétrer dans les Grands Lacs et d'entraîner d'importantes répercussions écologiques et socioéconomiques. À l'heure actuelle, une espèce, la carpe de roseau, est arrivée dans les lacs Érié, Michigan et Ontario, et des signes de reproduction (c.-à-d. oeufs ou larves de poissons) ont été observés dans deux affluents du lac Érié dans les eaux de l'Ohio. Bien qu'il n'y ait aucune preuve de reproduction dans les eaux canadiennes, les responsables du Programme sur la carpe asiatique de Pêches et Océans Canada procèdent à l'échantillonnage des larves et des oeufs dans les affluents à risque élevé des Grands Lacs pour confirmer ce fait. Cet échantillonnage des larves et des oeufs fait partie d'un vaste programme de surveillance de détection précoce visant à détecter toutes les tailles et tous les stades de vie des carpes asiatiques dans les eaux canadiennes.

Les larves de poisson et les oeufs sont incroyablement difficiles à identifier visuellement et il faut beaucoup de temps pour le faire. L'utilisation de techniques d'analyse génétique (métacodage à barres) est une méthode beaucoup plus rapide et précise pour identifier de grands volumes de larves de poissons. Cette technique peut être utilisée pour déterminer si des spécimens de carpes asiatiques sont présents et pour déterminer quelles autres espèces sont présentes. Déterminer la présence de carpes asiatiques est important pour recentrer les efforts d'échantillonnage du Programme sur la carpe asiatique, alors que la détermination de la présence d'autres espèces est une information de base importante qui peut être utilisée pour comprendre comment les activités de frai des poissons indigènes peuvent être touchées par les carpes asiatiques.

L'échantillonnage des larves et des oeufs est effectué tous les mois de juin et de juillet à la suite de pluies abondantes, car il s'agit de l'un des déclencheurs du frai de la carpe asiatique.

2.1. L'entrepreneur doit fournir une analyse génétique massive d'environ 200 échantillons d'environ 20 000 larves de poisson avec des amorces appropriées pour identifier les poissons d'eau douce, c'est à dire :

2.1.1. l'analyse par métacodage à barres d'échantillons massifs de larves de poissons, y compris :

a. le transfert des spécimens de référence des sacs à languette dans du matériel de laboratoire standard pour une lyse massive (au besoin);
b. la lyse à volume variable/ajusté et le sous-échantillonnage du lysat pour l'extraction de l'ADN en format à 96 puits;
c. les protocoles d'extraction de l'ADN à base de membrane de silice (fibre de verre) sur tous les échantillons;
d. l'amplification par PCR avec amorces spécifiques aux poissons avec un nombre variable de reproductions;
e. l'indexation de la PCR pour étiqueter les amplicons individuels (un format de plaque personnalisé peut être nécessaire en raison de la variabilité des reproductions);
f. la mise en commun des bibliothèques d'amplicons, la purification le CQ, et la préparation de bibliothèques pour la modélisation sur Ion Chef (ou l'équivalent);
g. le séquençage des bibliothèques d'amplicons produites sur Ion S5 530 (ou l'équivalent);
h. l'analyse bioinformatique et production de rapports après le séquençage;
i. les séquences doivent être vérifiées selon une bibliothèque de références.

2.2. Tous les services doivent être fournis dans les installations de l'entrepreneur.

2.3. Les installations doivent disposer d'un équipement ayant la capacité analytique et technique de traiter de grands volumes d'échantillons en peu de temps (~3 800 spécimens par jour).

2.4. Résultats attendus

a. Extraction massive d'ADN et amplification de la PCR avec indexation des échantillons de larves de poissons;
b. ~200 échantillons contenant environ 20 000 larves de poissons chaque année du contrat;
c. L'analyse génétique des échantillons doit être fournie dans les huit semaines suivant la réception des échantillons;
d. Transfert des spécimens de référence dans des contenants de laboratoire standard pour lysis;
e. Mise en commun et contrôle de la qualité des bibliothèques, modélisation et produits chimiques pour le séquençage;
f. Analyse bioinformatique;
g. Présentation de la composition des espèces au moyen d'un rapport ou d'une base de données. Les résultats de l'analyse génétique (c.-à-d. l'identification des espèces) devront être conservés dans une base de données accessible avec l'identificateur unique du MPO de chaque échantillon, ce qui les rendra facilement traçables pour les biologistes du MPO. Les identifications des espèces doivent être déclarées avec les noms scientifiques et communs.

2.5. L'analyse génétique des échantillons reçus doit être effectuée, et les résultats fournis, dans les huit semaines suivant la réception des échantillons.

2.6. L'entrepreneur doit fournir les services pendant au moins quatre ans.

3. Critères pour l'évaluation de l'énoncé des capacités (exigences essentielles minimales)

3.1. Tout fournisseur intéressé doit démontrer au moyen d'un énoncé des capacités que son système satisfait à toutes les exigences identifiées aux paragraphes 2.1 à 2.6 de l'article 2, Définition du besoin.

3.2. Le fournisseur doit être en mesure de répondre aux exigences au moment de la publication de l'avis.

4. Applicabilité des accords sur le commerce à l'approvisionnement

4.1. Le présent achat est assujetti aux accords commerciaux suivants :

Accord de libre-échange canadien (ALEC)

5. Justification pour le fournisseur sélectionné à l'avance

L'identification des espèces est effectuée par comparaison avec une base de données de référence exclusive validée par des experts contenant un ensemble d'amorces pour les poissons mis au point à l'interne. Le Canadian Centre for DNA Barcoding de l'Université de Guelph serait la seule installation au Canada à pouvoir réaliser un projet de cette envergure avec la précision requise pour les poissons d'eau douce de l'Ontario. Le Centre offre des services de bout en bout, depuis l'organisation et la préparation de grands ensembles d'échantillons jusqu'au séquençage génétique validé des codes à barres de l'ADN, en passant par l'analyse, la gestion des données et le stockage des données. Cet ensemble d'amorces est utilisé pour l'identification des poissons dans le monde entier et a été cité dans des centaines de publications évaluées par des pairs. Le Centre a également collaboré avec des organismes de réglementation et de recherche de partout en Amérique du Nord pour valider leurs protocoles d'identification des poissons. La capacité du Centre demeure inégalée. Le Centre a des protocoles de laboratoire et des procédures opérationnelles normalisées qui garantissent des résultats exacts et reproductibles.

6. Exceptions au Règlement sur les marchés de l'État

L'exception suivante au Règlement sur les marchés de l'État est invoquée pour cet achat, paragraphe 6d) - « le marché ne peut être exécuté que par une seule personne ».

7. Exclusions ou raisons justifiant le recours à l'appel d'offres limité

Les exclusions ou raisons justifiant le recours à l'appel d'offres limité suivantes sont invoquées aux termes des accords commerciaux applicables :

Accord de libre-échange canadien (ALEC), sous-alinéa 513 (1)b).

8. Droit de propriété sur la propriété intellectuelle
Tout titre de propriété intellectuelle d'aval découlant de l'exécution du contrat proposé demeurera celui de l'entrepreneur.
9. Période du contrat proposé et dates de livraison

9.1. La période du contrat proposé s'étendra de la délivrance au 31 mars 2024 inclusivement.

9.2. Les services d'analyse d'échantillons seront demandés au moyen d'autorisations de tâches.

10. Coût estimatif du contrat proposé

La valeur estimative du contrat initial est inférieure à 150 000 $ (TPS et TVH incluses), avec une valeur estimative de la totalité du contrat pour quatre ans inférieure à 3500 000 $ (TPS/TVH incluses).

11. Nom et adresse du fournisseur présélectionné

University de Guelph
Institut de la biodiversité de l'Ontario
50, chemin Stone
CANADA N1G 2W1

12. Droit des fournisseurs de présenter un énoncé de capacités

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts à fournir les biens, les services ou les services de construction décrits dans le PAC peuvent présenter un énoncé de capacités à la personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici la date de clôture de ce dernier. L'énoncé des capacités doit clairement démontrer que le fournisseur satisfait aux exigences indiquées dans le préavis.

13. Date de clôture pour la présentation d'un énoncé de capacités

La date et l'heure de clôture fixées pour l'acceptation des énoncés de capacités sont le 13 août 2020, à 14 h (HNE).

14. Demandes de renseignements et soumission des énoncés de compétences

14.1. Les demandes de renseignements et énoncés de capacités doivent être envoyés à :

Melanie Gillis
Spécialiste en approvisionnement
Travaux publics et Services gouvernementaux Canada
86, rue Clarence, 2e étage
Kingston (Ontario) K7L 2Y8
Téléphone : 613-328-2654
Courriel : M••••••••@•••••.••.ca

Date de livraison : Indiquée ci-dessus

L'État fait savoir par la présente qu'il a l'intention de n'inviter à soumissionner que l'entreprise susmentionnée et de ne négocier qu'avec elle. Pour de plus amples renseignements concernant ce marché, communiquer avec l'agent de négociation des marchés dont le nom est indiqué ci-dessus.

Un préavis d'adjudication de contrat (PAC) permet aux ministères et aux organismes de publier un avis, pendant un minimum de quinze (15) jours civils, pour informer la collectivité des fournisseurs de leur intention de passer un marché pour un bien, un service ou des travaux de construction à un fournisseur sélectionné d'avance. Si pendant la période d'affichage, aucun fournisseur ne présente d'énoncé de compétences répondant aux exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des marchés pourra alors procéder à l'attribution du marché. S'il est jugé, toutefois, qu'un énoncé de compétences répond aux exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des marchés doit lancer le processus complet d'appel d'offres.

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts à fournir les produits ou les services décrits dans cet avis peuvent présenter un énoncé de compétences à la personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici la date de clôture, laquelle est aussi précisée dans l'avis. L'énoncé de compétences doit démontrer clairement la façon dont le fournisseur compte s'y prendre pour répondre aux exigences indiquées dans le préavis.

Le numéro de dossier de TPSGC, le nom de l'agent de négociation des marchés et la date de clôture du préavis d'adjudication de contrat (PAC) doivent figurer en lettres moulées sur l'enveloppe, ou sur la feuille d'accompagnement, s'il s'agit d'un envoi par télécopieur.

L'État se réserve le droit de négocier les conditions de tout marché avec les fournisseurs.

Les documents peuvent être présentés dans l'une ou l'autre des langues officielles du Canada.