Système de séquençage MiSeq

Entente sur le commerce : ALÉNA/ACI/et les ALE entre Canada et
Pérou/Colombie/Panama
Processus de demande des soumissions : Tout fournisseur
intéressé peut présenter une soumission
Pièce jointe : Aucune
Stratégie d'approvisionnement non concurrentielle : Droits
exclusifs
Entente sur les revendications territoriales globales : Non
Nom et adresse du fournisseur :
Illumina Canada, Inc.
5200 Illumina Way
San Diego California
United States
92122
Nature des besoins :

Système de séquençage MiSeq

01896-140251/A
Perkins, Bill
Numéro de téléphone - 204-983-0275
Numéro de télécopieur - 204-983-7796

1. Préavis d'adjudication de contrat(PAC)

Un PAC est un avis public indiquant aux fournisseurs qu'un
ministère ou un organisme a l'intention d'attribuer un contrat
pour des biens, des services ou de la construction à un
fournisseur sélectionné d'avance. Le PAC permet ainsi à d'autres
fournisseurs de montrer leur intérêt en soumettant un énoncé de
capacités. Si aucun fournisseur ne présente un énoncé des
capacités qui satisfait aux exigences établies dans le PAC, au
plus tard à la date de clôture indiquée dans le PAC, l'agent de
négociation des contrats peut aller de l'avant avec
l'attribution du contrat au fournisseur sélectionné à l'avance.

2. Besoin: Système de séquençage du MiSeq

Le Centre de recherches de Brandon(Manitoba) d'Agriculture et
Agroalimentaire du Canada (AAC) sollicite des services
concernant la fourniture, la livraison et l'installation
d'un(1)systèmeMiSeq au Centre de recherches de Brandon, à
Brandon(Manitoba), au plus tard le 31mars2014.

L'équipe actuelle de chercheurs en génomique de Winnipeg et de
Brandon gère un portefeuille diversifié de projets financés par
de multiples sources, notamment Cultivons l'avenir (services
votés), Projet canadien de génomique des plantes cultivées,
Fonds pour le développement de l'agriculture, Fondation de
recherches sur le grain de l'Ouest et autres collaborateurs
industriels.

En raison des limites des programmes modernes de sélection, un
des thèmes qui revient souvent parmi ces projets est l'intérêt
de relever et de tirer profit de la diversité non seulement au
sein des espèces de plantes cultivées, mais aussi de leurs
congénères sauvages. La plus récente technologie relativement à
ces projets consiste en l'élaboration de bibliothèques de
données de séquence provenant de multiples sources de matériel
génétique utilisées pour les gènes à l'origine des caractères
d'intérêt et la variation des nucléotides connexes qu'on utilise
dans l'élaboration des marqueurs. De tels objectifs sont devenus
économiques grâce aux améliorations rapides de la technologie de
séquençage; plus particulièrement, Illumina a joué un rôle de
premier plan dans le développement de cette technologie, et le
systèmeMiSeq représente les progrès les plus récents dans ce
domaine, offrant un séquenceur de table précis qui répond aux
exigences pratiques minimales et intègre amplification,
séquençage et analyse de données en un seul instrument. Cette
facilité d'utilisation et les applications polyvalentes que
permet le systèmeMiSeq permettront l'utilisation efficace de
l'équipement par de multiples laboratoires. Nous menons
actuellement de nouvelles recherches en épigénétique qui
requièrent le séquençage d'une vaste gamme de modèles, comme
petit ARN, séq.ARN, méthylome et dégradome. Le systèmeMiSeq et
ses solutions chimiques connexes procurent les outils essentiels
à l'exécution de toutes ces recherches.

Le systèmeIllumina MiSeq est le séquenceur le plus précis et le
plus rapide au monde utilisant une technologie brevetée protégée
par un système de synchronisation des brevets, des droits
d'auteur et des secrets industriels.

3. Critères pour l'évaluation de l'énoncé de compétences
(Exigences essentielles minimales)

Tout fournisseur intéressé doit démontrer, à l'aide d'un énoncé
de compétences, que le système proposé respecte les exigences
suivantes:

· Le système doit être constitué d'un instrument intégré unique
à faible encombrement (moins de 2pieds carrés) pouvant effectuer
une amplification clonale (par grappes), un séquençage de
prochaine génération et une analyse de données sans nécessiter
de PCR en émulsion.
· Le système doit être un système cellulaire à débit unique et à
longueur de lecture réglable de 36 à 300pb.
· Le système doit être en mesure d'effectuer une lecture
d'extrémité unique, d'extrémités appariées et d'extrémités
adaptées dans les délais d'exécution suivants (notamment une
génération par grappes, un séquençage et un appel de base avec
cotes de qualité), selon les critères connexes aux exigences
relatives à la production et à la qualité:
o Lectures d'extrémités appariées de 2 X 250pb en 39heures avec
un minimum de 7,5Gb générant un minimum de 24 M lectures
filtrées avec plus de 75% des bases supérieures à Q30 (cote de
qualité)
o Lectures d'extrémités appariées de 2 X 300pb en 65heures avec
un minimum de 13,2Gb générant un minimum de 44 M lectures
filtrées avec plus de 70% des bases supérieures à Q30 (cote de
qualité)
o Lecture d'extrémité unique de 1 X 36pb en 4heures avec un
minimum de 540Mb générant un minimum de 12M lectures filtrées
avec plus de 90% des bases supérieures à Q30 (cote de qualité)
· Le système doit offrir la flexibilité d'effectuer et
d'analyser:
o Le reséquençage
o Le séquençage de novo
o Le séquençage ciblé
o Le séquençage de petits ARN
o Le séquençageARNm
o Le séquençage de l'ADN ayant subi un traitement au bisulfite
o Le contrôle de la qualité des banques de séquences
· Le système doit produire les formats de fichiers de sortie
standards suivants: fastq, bam, texte(CSV)
· Le système doit être compatible avec les trousses prêtes à
utiliser pour les applications suivantes utilisant les tailles
d'échantillons suivantes:
o Séquençage d'ADN de lectures d'extrémité unique, d'extrémités
appariées et d'extrémités adaptées avec ADN de 1ng à 1ìg
o Séquençage d'ARN d'un ARN total (0,1 à 4ìg), d'un ARNm (10 à
400ng) et d'un petit ARN (1ìg total ou 10 à 50ng microARN)
o Multiplexage d'échantillons pouvant atteindre 96indices pour
le séquençage de l'ADN

4. Applicabilité des accords commerciaux à l'achat

Le présent achat est assujetti aux accords commerciaux suivants:

? Accord sur le commerce intérieur (ACI)

? Accord de libre-échange nord-américain (ALÉNA)

5. Justification du recours à un fournisseur sélectionné à
l'avance

Le systèmeIllumina MiSeq est un système unique et breveté.
Illumina est le seul distributeur du systèmeMiSeq. La grande
flexibilité du systèmeMiSeq en ce qui a trait aux applications
fait de lui le seul système en mesure de générer toutes les
données que requièrent les projets. Il s'agit du seul système de
séquençage de table capable d'effectuer des lectures
automatisées d'extrémités appariées et jusqu'à 15Gb par
séquence, générant plus de 600bases d'information de séquençage,
ce qui représente la production requise. Il s'agit du seul
système sur le marché qui peut séquencer un petit ARN,
application essentielle à nos projets incluant également des
analyses de méthylomes et de dégradomes, techniques qu'appuie le
système MiSeq. Ce dernier est le seul séquenceur de la prochaine
génération qui intègre l'amplification (pas de PCR en émulsion),
le séquençage et l'analyse de données en un seul instrument, au
moyen d'une interface simplifiée et d'un déroulement des
opérations qui permettra à de multiples utilisateurs d'exploiter
le système. L'appareil MiSeq peut aussi fonctionner en mode «
lecture courte » pour une évaluation rapide de la qualité des
banques de séquences. De plus, l'appareilMiSeq utilise les mêmes
solutions chimiques et génère le même type de données qui
assurera la compatibilité avec les protocoles et pipelines
d'analyse actuels mis au point à AAC. Parmi les attributs
avantageux de l'appareilMiSeq, on compte un délai de traitement
plus court entre la préparation en bibliothèque et la génération
des données, tout en maintenant la réputation d'Illumina
relativement aux données de séquence précises et de grande
qualité ainsi que l'appui de l'analyse des données fournie par
Illumina sous la forme d'un logiciel d'analyse en temps réel,
lequel fournit des solutions d'analyse pleinement optimisées
pour le reséquençage, des essais personnalisés par analyse des
amplicons et un séquençage de petits ARN.

6. Exemption du Règlement sur les marchés de l'État

L'exception suivante au Règlement sur les marchés de l'État est
invoquée pour cet achat en vertu de l'alinéa6d) - «une seule
personne est en mesure d'exécuter le marché».

7. Justifications d'appel d'offres limité

Les justifications d'appel d'offres limité suivantes sont
invoquées en vertu des accords ci-dessous:

Accord sur le commerce intérieur(ACI) - Alinéa506-12b): lorsque,
pour des raisons d'ordre technique, il y a absence de
concurrence et que les produits ou services ne peuvent être
fournis que par un fournisseur donné et qu'il n'existe aucune
solution de rechange ou encore de produits ou services
deremplacement.

Accord de libre-échange nord-américain(ALÉNA) - Alinéa1016: dans
le cas des œuvres d'art, ou pour des raisons qui ont trait à la
protection d'un brevet, de droits d'auteurs ou de tous les
autres droits exclusifs, ou dans le cas de renseignements
commerciaux de nature exclusive ou lorsqu'il y a absence de
concours pour des raisons techniques, les biens et les services
peuvent être offerts seulement par un fournisseur en particulier
avec aucun autre choix raisonnable de rechange ou de
substitution possible.

8. Période de la date de livraison proposée

L'équipement doit être livré au plus tard le 31mars2014.

9. Estimation des coûts du marché proposé

La valeur du marché, y compris les options, est estimée à
130000,00 - 135000,00$ (hors TPS/TVH).

10. Nom et adresse du fournisseur prédésigné

Illumina Canada Inc.
44, Chipman Hill, bureau1000
Saint John(Nouveau-Brunswick)
E2L 2A9
Canada

11. Droit des fournisseurs de présenter un énoncé de capacités

Les fournisseurs qui s'estiment pleinement qualifiés et
disponibles pour fournir les biens et les services ou pour
exécuter les travaux de construction décrits dans le PAC peuvent
présenter un énoncé de capacités par écrit à la
personne-ressource nommée dans le présent avis au plus tard à la
date de clôture qui y est indiquée. L'énoncé de capacités doit
montrer clairement comment le fournisseur satisfait aux
exigences publiées.

12. Date limite de présentation d'un énoncé de capacités

La date limite de présentation des énoncés de capacités a été
fixée au: lundi 18 novembre 2013, 02:00 heure normale du Centre
(HNC)

13. Demandes de renseignements et présentation des énoncés de
capacités

Les demandes de renseignements et les énoncés de capacités
doivent être envoyés à:

Bill Perkins
Spécialiste de l'approvisionnement
Travaux publics et Services gouvernementaux Canada
100-167, avenue Lombard, Winnipeg(Manitoba), R3C 2Z1
Téléphone: 204-983-0275
Télécopieur: 204-983-7796
Courriel: b••••••••@••••••••.••.ca

Date de livraison : Indiquée ci-dessus

L'État fait savoir par la présente qu'il a l'intention de
n'inviter à soumissionner que l'entreprise susmentionnée et de
ne négocier qu'avec elle. Pour de plus amples renseignements
concernant ce marché, communiquer avec l'agent de négociation
des marchés dont le nom est indiqué ci-dessus.

Un préavis d'adjudication de contrat (PAC) permet aux ministères
et aux organismes de publier un avis, pendant un minimum de
quinze (15) jours civils, pour informer la collectivité des
fournisseurs de leur intention de passer un marché pour un bien,
un service ou des travaux de construction à un fournisseur
sélectionné d'avance. Si pendant la période d'affichage, aucun
fournisseur ne présente d'énoncé de compétences répondant aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés pourra alors procéder à l'attribution du marché. S'il
est jugé, toutefois, qu'un énoncé de compétences répond aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés doit lancer le processus complet d'appel d'offres.

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts
à fournir les produits ou les services décrits dans cet avis
peuvent présenter un énoncé de compétences à la
personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici
la date de clôture, laquelle est aussi précisée dans l'avis.
L'énoncé de compétences doit démontrer clairement la façon dont
le fournisseur compte s'y prendre pour répondre aux exigences
indiquées dans le préavis.

Le numéro de dossier de TPSGC, le nom de l'agent de négociation
des marchés et la date de clôture du préavis d'adjudication de
contrat (PAC) doivent figurer en lettres moulées sur
l'enveloppe, ou sur la feuille d'accompagnement, s'il s'agit
d'un envoi par télécopieur.

L'État se réserve le droit de négocier les conditions de tout
marché avec les fournisseurs.

Les documents peuvent être présentés dans l'une ou l'autre des
langues officielles du Canada.